O portal no exterior da Igreja não há certezas sobre a sua origem, permanecem três possibilidades. As duas primeiras remetem para a identificação do portal como genuinamente manuelino (da igreja destruída ou da Conceição dos Freires). A terceira, baseada na análise material, supõe que seja um revivalismo neomanuelino, fabricado de novo durante a reedificação da igreja.
Na nave o tecto ostenta pinturas emolduradas por talha dourada e pintada, com alegorias da Igreja e, nos medalhões laterais, os Apóstolos, obras da escola de Pedro Alexandrino de Carvalho. Os seis altares laterais têm retábulos em talha dourada e marmoreada, albergando esculturas de vulto. Destas, são particularmente belas e majestosas as imagens da Sagrada Família, atribuídas a José de Almeida e provenientes do desaparecido Convento dos Camilos (juntamente com São Camilo de Lellis, também atribuível a José de Almeida, Nossa Senhora da Conceição e Santa Margarida de Cortona).
Na capela colateral do lado do evangelho, do Santíssimo Sacramento, com mármores polícromos e tecto com lanternim, encontra-se uma tela de Pedro Alexandrino figurando a Última Ceia, e actualmente a imagem do Senhor dos Passos. Na do lado da epístola, no camarim do retábulo em talha dourada e marmoreada, ergue-se a grande e eloquente imagem de Cristo Crucificado – é o Senhor Jesus dos Perdões, de grande veneração e fama milagrosa, já com capela própria na igreja anterior na primeira metade de Setecentos. No registo superior do cruzeiro, quatro telas de Pedro Alexandrino representam São Tude, a Apresentação no Templo, Santa Ana com Nossa Senhora e São Miguel.